1939年，第二次世界大战爆发，所有英国的级足球赛事都暂时终止，而1939/40赛季也取消了。海布里球场被英国军队征用作空袭警报站以放置阻拦气球，敦大轰炸期间，北看台的盖被德军的炸弹炸毁，座位也被烧成碎片。海布里球场不得不暂时关闭行重建，直到1946年重新投使用之前，阿森纳不得不与同在北敦的死敌托特纳姆刺共用白鹿巷球场。

1947/48以及1952/53赛季，阿森纳两次夺取了联赛冠军，并在1950年称雄足总杯，不过在之后的60年代中，阿森纳几乎与冠军绝缘。1968年和1969年，枪手两次打英格兰联赛杯决赛，但都铩羽而归，这也是他们在60年代距离国内冠军最近的时候。

阿森纳依旧是那支在国内偶尔称雄，而在欧洲赛场依旧是没有任何知名度和影响力的球队。

80年代末和90年代初，是利浦走向没落、曼联尚未登基的空白期，阿森纳成为了这段时期内英格兰最令人畏惧的力量，继1989年不可思议的最后逆转夺冠后，在1990/91赛季里，格拉汉姆再次率队夺取联赛冠军，枪手的后防四人组令各支球队无奈，整个1990/91赛季里，阿森纳只输掉了一场联赛。

在60年代中期，贝·米（bertiemee）接过帅位，并率队在1969/70赛季夺取了俱乐历史上的首个欧洲赛事冠军，在fairscup的决赛中，阿森纳两回合以4比3的总比分击败了比利时的安德莱赫特夺冠。不过这样一个算不上伟大的奖杯，对于阿森纳的历史其实并没有任何加分。

1992/93赛季，阿森纳成为了第一支在同一个赛季里赢得两项杯赛冠军的球队，在足总杯和联赛杯的决赛中，枪手们击败的都是谢菲尔德星期三。接下来的1993/94赛季，格拉汉姆时代的辉煌延续到了欧洲赛场，阿森纳在欧洲优胜者杯中一路歌猛，并在决赛中以1比0击败意大利劲旅帕尔夺得冠军，这个时刻代表着阿森纳在格拉汉姆带领下达到了。

70年代的一个赛季（1970/71赛季），阿森纳便实现了历史的突破，球队夺取了联赛和英格兰足总杯的双料冠军。在那支枪手队中，拥有查理·乔治（charliegeorge）、乔治·阿姆斯特朗（georgearmstrong）、雷伊·肯尼迪（raykennedy）和队长弗兰克·麦克林托克（franktock），阿森纳先是在同城死敌刺的主场白鹿巷球场拿到了联赛冠军，随后又在温布利的决赛中通过加时赛击败利浦，捧起了英格兰足总杯。

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1986/87赛季，格拉汉姆率队夺取了俱乐历史上的第一座英格兰联赛杯冠军，决赛中以2比1击败了利浦。两年后阿森纳又从当时的英格兰霸主利浦手中夺走了联赛冠军。

1996/97赛季的上半段，阿森纳迎来了俱乐历史上第一位外籍主教练——阿尔纳·温格（arsenewenger）从日本的名古屋鲸八转投而来。这位外表儒雅的法国人很快就为阿森纳带来了辉煌：1997/98赛季，也就是温格成为主教练后的第一个完整赛季，他率领阿森纳拿到了英超和足总杯的双料冠军，重演了1970/71赛季的神奇，这也是俱乐历史上

“wm”阵型在查普曼手里发挥了最大的威力，曾在一个赛季中打创造俱乐纪录的127球。查普曼去世时年仅55岁，为了纪念查普曼的功勋，阿森纳在海布里球场内竖立了他的铜像。

1986年，乔治·格拉汉姆（georgegraham）任阿森纳队主教练，他将枪手打造成了80年代末和90年代初的一支有统治力的球队。在球员时代，格拉汉姆就曾效力阿森纳，他是1971年双冠王阵容中的一员，在此前的三年时间里，他一直在米尔沃尔执教，来到阿森纳后，将球队带上了一个新的台阶，格拉汉姆铁碗治军，塑造一支球风悍、踢法朗的阿森纳。