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在此期间，又传来消息，撒提赞斯得到帕萨斯增援的2000骑兵后，又杀回阿瑞亚，鼓动阿瑞亚人起义。亚历山大派波斯人阿塔扎斯和两位骑兵将领回兵征讨，同时命令帕西亚总督也率兵开赴阿瑞亚作战。经两路其顿军队的打击，撒提赞斯所率队上溃不成军，其本人也阵亡。

亚历山大对柏萨斯行了一阵残酷折磨后，将他押往哈丹。在那里柏萨斯被割掉鼻和耳朵，当着众多米底人和波斯人的面被腰斩。尽受到了非人的折磨，柏萨斯从未表示屈服，他的确应该是波斯人的民族英雄，也是亚洲人的英雄。

亚历山大稍休息，在阿尔诺斯留下分驻军，又率抵达奥克苏斯河，准备渡河追击柏萨斯。奥克苏斯河面宽阔，有1000多米，湍急。柏萨斯渡河后，已将所有的渡船毁坏，其顿大军渡河成了一难题。亚历山大命令把盖帐篷用的兽集中起来，成许多满草料的筏。其顿军队用这些筏只了5天时间渡过了奥克苏斯河。渡过河后，亚历山大便率一分军队向粟特国方向前，途中遇到粟特国国王达斯塔米尼斯派来的使者，说他已将柏萨斯逮捕，让亚历山大派人去押解。亚历山大命托勒密率一分军队前往接收柏萨斯。经过一阵急行军，托勒密率军到达了达斯塔米尼斯的驻扎地。粟特国王已经率军撤走，但却把柏萨斯留在了一个小村庄里。托勒密率军将该村庄包围，很快柏萨斯就被抓获。托勒密将柏萨斯脱光衣服，五大绑，上木枷，押解到亚历山大。

柏萨斯一死，波斯帝国的抵抗力量被彻底剿灭，但等待亚历山大的是粟特人更加烈的抵抗。

转到了第二年天，亚历山大率军翻越的兴都库什山，克特里亚境内。帕萨斯听到亚历山大翻过兴都库什山脉的消息，在将其所在克特里亚首府克特拉毁坏后，率领手下7000名士兵渡过奥克苏斯河向粟特国撤去。沿途，不少士兵由于不愿到异国他乡，纷纷开了小差。亚历山大率先是攻占了德拉普萨卡，然后向东攻占克特里亚的重要要城市阿尔诺斯和克特拉。

德罗西亚人和阿拉科提亚人，他在各个新征服地区任命了总督来理这些地区。公元前329年冬季，亚历山大率军到达了达塔尔拉克河畔印度人的聚居区。这里的印度人村庄是在地下掘地而建，居民家储存了大量的粮、家畜、家禽和酒。亚历山大决定在这里停下度过严冬，待来年季再向克特里亚军。

粟特人的首领是他们的国王达斯塔米尼斯。这位国王在将柏萨斯献给亚历山大后，本以为其顿人会停止对粟特国的攻，但亚历山大在将柏萨斯送回哈丹后又向粟特国的都城拉坎达（今撒尔罕）军。达斯塔米尼斯见不能与其顿人打拼，便率队撤至陡峭的山中。亚历山大率军占领拉坎达后，追击粟特人到达药杀河（今锡尔河），在这里，亚历山大派寻找粮的小分队遭到粟特人的袭击，全军覆没。亚历山大率军对躲在大山中的粟特人发起攻击，虽然战斗行得非常艰难，亚历山大的也受了伤，但其顿人还是攻下大山，粟特人或死或下悬崖，只有一分不足8000人活了下来。达斯塔米尼斯不甘心于失败，号召粟特人起来反抗其顿人，很快他就聚集了30000人的起义队伍，占据7个城市对抗亚历山大。