士三世死了，柏萨斯逃到了巴克特里亚，亚历山大停止了追击，因为他带来的兵力实在少得可怜，只有区区几百人。他命人将大流士三世的遗体送往波斯波利斯阿黑门尼德王族的皇陵之中安葬。亚历山大对大流士的残余部队进行了整编，任用了一批波斯人为地方官，对俘虏的希腊雇佣军也较为宽大，吸收他们加入马其顿军队。对于帕米尼欧胆敢违抗他的命令，拒绝出兵，亚历山大很是恼火，命令撤销了他担任的军队副统帅的职务，而由克拉特拉斯接替这一位置。有消息来报，柏萨斯已自封为波斯帝国国王，自号为阿塔薛西斯，是亚洲之王。一山岂能容二虎，亚历山大下定决心一定要消灭柏萨斯。公元前330至公元前329年冬季，亚历山大在对军队进行整编后，兵分三路，自帕提亚向巴克特里亚进军。

在行军途中，他与骑兵司令菲洛塔斯就是否要进军巴克特里亚发生了激烈的争执。菲洛塔斯作为老将帕米尼欧的儿子对亚历山大将其父亲免职极为不满，在部队中煽动起消极情绪，使得军心浮动，许多士兵不愿再与亚历山大进军巴克特里亚。亚历山大对菲洛塔斯这一行径极为愤怒，命令对菲洛塔斯进行审判，以叛国罪将其处死。处死菲洛塔斯后，亚历山大又派人拿着他的手谕，命令驻守哈马丹的首领将帕米尼欧秘密处决。

处决菲洛塔斯后，亚历山大命赫斐斯申代替他的位子，率部队继续前进。在行进途中，波斯帝国骑兵大将那巴赞斯、帕西亚、和赫卡尼亚总督福拉塔弗尼斯等率部队前来归降。在他们的引导下，亚历山大向赫卡尼亚的扎德拉卡塔城进发。在这里，波斯帝国首相拉巴尔查尼斯，重臣阿尔塔巴扎斯正率1500名希腊雇佣军在此驻守。因为对帕萨斯杀害大流士三世心存不满，这些人见亚历山大率马其顿大军来攻，便开城投降。随同他们投降的还有希腊各城邦派驻波斯帝国的使臣。

在扎德拉卡塔城驻扎15天后，亚历山大又率大军征服勇猛善战的马尔地安人和阿瑞亚人。在这两地各自任命了总督。安置完之后，亚历山大率军向巴克特里亚进军，当大军行至巴克特里亚边境附近的马迦斯河时，忽接报告，投降的阿瑞亚总督撒提巴赞斯在亚历山大率军出发后发动叛乱，将留驻的马其顿官兵全部杀死。撒提巴赞斯率领叛军已经退守阿瑞亚首府阿塔考那城。

亚历山大一听这消息，怒火冲天。他命令克拉特拉斯率一小部分军队在原地等候，亲率大部队杀回阿瑞亚。经过两天的急行军，亚历山大所率马其顿大军就到达阿塔考那城下。撒提巴赞斯见亚历山大来攻，自知不是对手，带领一队骑兵一溜烟地逃跑了。

为了给死亡的将士报仇，也为给敢于反抗的阿瑞亚人一点颜色，亚历山大下令对阿瑞亚人进行大搜捕，凡是参加反叛的阿瑞亚人，一经逮捕，就地正法。对其他未参加叛乱的阿瑞亚人也一律变卖为奴。镇压完阿瑞亚人，亚历山大命令仍留在马迦斯河的克拉特拉斯率领部队来阿瑞亚与其汇合，他们共同率军向南方的扎兰迦亚进军。占据这一地区的是当初参与谋害大流士三世的巴散提斯，巴散提斯一见亚历山大率军来攻，自知不是对手，马上率部渡过印度河进入印度人聚居地。印度人唯恐亚历山大把战火烧到印度，就将巴散提斯逮捕交给亚历山大，亚历山大将其处死。随后，亚历山大在向巴克特里特进军中，又先后征服阿瑞阿斯皮亚人、德兰志亚人、迦

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