在藤森当上那个引起争议的第三任总统之后，面对国新闻周刊的独家采访，这个不肯认输的日本人依旧宣称："总统，这是我的职业，我的使命，即使我上了天堂，我仍然在天堂中领导秘鲁前，秘鲁不能没有我。”充满自信的豪言壮语使人难以想象藤森事实上已经坐在了火山之上。为了放手一搏，藤森使了最后一招于2000年10月底撤换了秘鲁三军司令和联合指挥主席，试图重新控制军队。但是此举却显然收效甚微。因此当2000年11月13日藤森离开秘鲁前往文莱参加亚太经合组织会议之时，这个叱咤一时的人事实上已经濒临“政治死亡”的危局了。秘鲁就有议员披，他此行本不是去开会，目的是离开是非之地利，逃避可能面临的调查和审判。这名议员还披，在去文莱前，藤森曾携带大量私人品去过国的迈阿密，这一切都说明他正准备走。

17日藤森突然改变先前行程计划，以“寻求经济援助”的名义飞往日本东京。但日本外务省的解释却是，“藤森患了冒”。大相径的说法引起外界猜疑。在日本东京新大谷饭店藤森突然失踪，而就在外界对其去向议论纷纷之际，2天后藤森突然藤森突然宣布准备辞去总统职务；20日，他正式递辞呈；翌日，秘鲁国会拒绝了藤森的辞职请求，以“义上不能胜任”为由罢免了藤森的总统职务；22日，秘鲁国会主席廷,帕尼亚瓜接替藤森，就任总统，随即撤换了15名到今年年底服役满35年的将军，其中包括陆军司令和空军司令；26日，陆军中将卡洛斯.塔富尔正式接替瓦尔特.查孔将军就任陆军司令兼武装队联合指挥主席。

藤森宣布辞职以后，藤森的妹夫、秘鲁驻日本大使维克托.有富.藤也于11月22日辞职。在日本的藤森2天的神秘失踪。他到底去了哪里呢？发生了些什么？或许永远是谜。唯一合理的说法是27日，日本知名女作家、日本财团会长曾野绫召开记者招待会说，藤森离开饭店后一直住在她家里，后来又搬到她在神奈川县的乡间别墅。人们纷纷猜疑曾野与藤森到底有何关系，竟敢在藤森涉嫌贪污逃匿之时收留、帮助他。没想到曾野却给人意外的回答。她说：“其实我与藤森谈不上是朋友，只能说是认识。我虽说是一个基督教徒，却很欣赏阿拉伯民族款待路人、任其住宿的风俗，于是便决定收留藤森。”

而这些话恐怕只能蒙蔽无知的儿童，事实上，由曾野担任会长的日本财团与秘鲁渊源已久。自1974年以来，该财团共向秘鲁提供过20亿日元（1元约合110日元）的资金援助。藤森就任秘鲁总统后，该财团曾大幅增加对秘鲁的资金援助。作为财团会长，曾野曾两次到秘鲁视察。藤森均专门予以接见。藤森每次访日时都空与曾野见面。这次藤森抵达日本之后，便上给曾野打电话，约她在新大谷饭店共晚餐。

作为“之社”的层事实上今天与会的众人都清楚―曾以代表作《冰》饮誉日本文坛的曾野绫本就是当时南分的直接领导人。而藤森只是其在南诸多得力下之下。藤森执政十年，日本与秘鲁政治、经济、贸易关系获得长足展，日本和秘鲁之间建立起了特殊友好关系，这对日本一步打拉市场的对外经贸策略有非常积极的意义和战略的影响。但是面对巧妙布局、而又来势汹汹的“幕后黑手”，即便拥有着“之社”大的支持，曾野绫同样回天乏力，只能让藤森自愿辞职，以丢卒保车。

曾野在记者招待会上说，她担心藤森辞职后住在饭店费太大，于11月21日打电话给藤森的妹夫、前秘鲁驻日本大使，表示愿意让藤森住到她家里。当晚，曾野应大使之邀再次到饭店与藤森见面。席间藤森提“可以住到你家吗？”22日下午3左右，藤森在警视厅保镖的护送下神秘地现在曾野家，住在曾野家二层的一间小屋里。当时，藤森只带了两个行李箱，没有任何衣，衣、外都是借曾野丈夫、作家三浦朱门的。25日藤森搬到曾野位于神奈川县的乡村别墅，房四周是田野，非常幽静。在那里，藤森接受了朝日新闻社记者的独家采访。当时，藤森着白衬衫，外一件湖蓝的心领衣，没打领带，发略显白，但梳得很整齐。谈时，他一手扶着桌，一手比画着，说得很起劲。藤森说：“虽然秘鲁国内有很多怀疑我的传闻，但都不正确。”“我在新加坡、日本及世界任何地方没有银行。我是清白的。”当问及何时回秘鲁时，藤森回答：“现在还没有决定，因为秘鲁的局势还在动。”但他又说：“我正在考虑参加明年4月秘鲁众议院选举。”藤森表示，他没有向任何国家提政治避难要求，今后也不会，因为没有必要。